Szpaki mają dość ciekawą historię. Pierwotnie była to osada bojarów ruskich, czyli drobnych rycerzy pochodzenia ruskiego. Zamieszkali tu zapewne jeszcze przed początkiem XV wieku, przed czasami polskiego osadnictwa. Pełnili różnego rodzaju posługi na rzecz starostwa brańskiego. Najciekawsze jest to, że osada Szpaki leżała pierwotnie zupełnie w innym miejscu. Położona była tuż obok miejscowości Bujnowo (dawnej Bonowo), w miejscu zwanym obecnie Abramiki. W latach 1560-1562 przeprowadzono w Bujnowie pomiary włóczne, wymierzono i zarejestrowano grunty tamtej wsi, powiększając znacznie również folwark bujnowski (do 35 włók). Władze starostwa i urzędnicy królewscy zadecydowali, że bojarów Szpaków należy przesiedlić w inne miejsce. Wysiedlono ich na północne krańce królewskiej wsi Malesze.

Spis podatkowy z 1580 roku przekazuje informacje o wsi Szpaki w parafii bielskiej, wymienia się tam Wawrzyńca Radziwona i Iwana, dziedziczących na 7 włókach ziemi osiadłych. W tym czasie Szpaki znajdowały się już w nowym miejscu. 

W XVII wieku zaczęto używać już nazwy Szpaki, tak też było w XVIII wieku. Była to wioska zamieszkała przez drobną szlachtę. Słownik Geograficzny z końca XIX wieku zapisał Szpaki - wieś, powiat bielski, gubernia grodzieńska, w 2 okręgu polskim, gmina Malesze, o 16 wiorst od Bielska.

W 1921 roku w tej wsi notowano 14 domów i 96 mieszkańców, należała do gminy Topczewo.