Obecne maleńkie Krupice są być może jedną z najstarszych wsi na terenie gminy Wyszki. Pierwsze dane na temat tego osiedla pojawiają się już w 1558 roku, w aktach diecezji wileńskiej (Krupki). Ten zapis z akt kościelnych może świadczyć, że Krupki były wsią kościelną. Być może była to właśnie wioska Kołby, którą w 1457 roku darowała miejscowa szlachta na rzecz nowo powstałej parafii w Wyszkach?  Nazwa Kołby obecnie nie występuje w Polsce.

Krupice na pewno nie były wsią drobnoszlachecką, były przez wieki folwarkiem i niewielką osadą zamieszkałą przez chłopów. Folwark ten należał albo do parafii w Wyszkach, albo do możniejszych ziemian z Wyszek.

Krupice pojawiają się w zapisach na temat spisu podatkowego z 1676 roku (Wyszki Tworki), jak również w zapisach z XVIII wieku (Wyszki Krupice czyli Tworki). W drugiej połowie XIX wieku Krupice-Tworki były już wsią prywatną, należącą do szlachty. Słownik Geograficzny z przełomu wieków XIX i XX wieku zapisał: „Krupice - folwark, powiat bielski, gubernia grodzieńska, gmina Malesze, 19 wiorst od Bielska,  [dobra należąca do] Aleksandra Wielowiejskiego”.

Na początku XX wieku majątek Krupice został podzielony ma mniejsze majątki i częściowo rozparcelowany. Spis powszechny z 1921 roku wspomina o miejscowości Krupice kolonia z 2 domami i 14 mieszkańcami. Księga Adresowa Polski z lat dwudziestych XX wieku wymienia dwóch właścicieli w w tej miejscowości: Józefa Mierzwińskiego posiadającego 56 ha oraz Felicjannę Wielowiejską posiadającą 64 ha. Mapa wojskowa z lat trzydziestych nie pokazuje żadnych folwarków w tej miejscowości, widnieje na niej zaledwie 5 domów mieszkalnych rozrzuconych pomiędzy skrawkami lasu.