Pierzchały były wsią drobnoszlachecką. Nazwa wsi odnosi się do herbu szlacheckiego Pierzchała. Rycerze właśnie tego herbu zasiedlili pierwotnie tę wieś i takie też przyjęli nazwisko. Już z 1480 roku pochodzą pierwsze wzmianki o Pierzchałach w powiecie bielskim. W 1530 roku niektórzy członkowie tego rodu podawali też herb Gozdawa.

W 1580 roku na 4 i pół włókach szlacheckich dziedziczył tu Jan syn Wawrzyńca. Przez kolejne stulecia była to niewielka wioska zamieszkała przez drobną szlachtę. W 1921 roku notowano tutaj zaledwie 7 domów i 37 mieszkańców w tym 2 prawosławnych. Wieś należała do gminy Topczewo.

Pod Pierzchałami w dniu 29 września 1949 roku wojska UB i KBW rozbiły oddział partyzancki Lucjana Szymborskiego „Miedziaka”. Zginęło dwóch partyzantów, w tym dowódca, jeden z nich został aresztowany. „Miedziak” był związany z oddziałami podziemia narodowego.